そもそも、通勤時間帯といえども、その時間帯に走る電車やバスは、通勤・通学者のためだけに用意されたものではないわけですからねぇ。
ベビーカーとともに乗車するヒトも、子どもを預けてから出勤する必要があったり、病院に連れて行く途中だったりというケースもあるでしょうし。大きなスーツケースを持つ旅行者だって、ラッシュアワーのさなかに移動せざるを得ない場合もあるでしょう。車いすで乗車するヒトも、もちろんいるでしょうし。
マナーの問題にして、どちらがより配慮すべきか・遠慮すべきか、なんて言い合っていても、解決につながらない問題なのかもしれませんね〜。
一番現実的な解決策は、子どもを連れていたり、大きな荷物を持ったヒトのための専用車輌を備えた列車を、何本かに一本くらいは走らせる、ということでしょうかねぇ。