タグはノート作成時に人力でつけていく必要があるため、なるべく付けない&作らないように気をつけます。実際、私のノートはほとんどがタグのついていないノートです。検索でこと足りるならその方が楽なのです。
それはごもっともで、自分もほとんどタグ付けはしないのですが、そのあとに紹介されている整理方法は、整理することをなかば目的化して楽しめる人でないと真似をするのは難しいのではないでしょうかねぇ。
自分の場合、例えば、画像メインで検索に引っかからないかも、というノートに関しては、タイトルや本文欄に検索時に使うであろう単語を併記しておくというのはよくやる方法です。
タグは、これはひとまとめに抽出できるようにしておいたほうが便利かも、と感じた時点で、必要最小限のノートだけに付けることに。例えば、「2014,06,20 旅行資料」みたいな感じ。
ノートブックは、内容が決まっているノート類だけに割り当てています。納品書のコピーとか。
基本姿勢として、あとから探して見つからなければそれはそれで仕方ないかな、みたいなテキトーな感じで、分類など気にせずにビビッときたものをどんどんと保存し、使っているうちにこれはひとまとめにしておきたいと感じるようなノート群が出てくれば、その時に整理するというスタイルのほうが、なにかと気楽でいいのではないでしょうかね〜。